Il Museo dispone di laboratori scientifici relativi ai seguenti campi di indagine: Archeometria e Diagnostica, Antropologia, Archeologia forense, Archeozoologia, Archeoinformatica, Documentazione grafica e fotografica.

Tali laboratori completano in sede le attività di ricerca e di scavo sul campo e forniscono servizi di diagnostica e di studio anche a committenze esterne.